Yo te digo exactamente lo que le pasa:
Con el PC apagado, arranca y entra en Linux directamente, la rueda del ratón va bien ¿no?
Reinicia y entra en Windows, la rueda del ratón va bien, reinicia y entra en Linux, la rueda del ratón va mal ¿no?
Es decir, cada vez que quieras meterte en Linux si antes estabas en Win, tendrás que apagar y encender el PC, de lo contrario tendraś ese problema.
Si te has olvidado de apagar y estas en Linux cagandote en todo... lo más sencillo es sacar y meter el receptor USB y todo vuelve a la normalidad.
Si tu PC mantiene la corriente de los USB incluso apagado, el problema se te hará persistente y solo te quedará sacar y meter el receptor USB si antes estuviste en Win y quieres pasar a Linux o ver si en la BIOS de la placa base hay algún parámetro que te permita quitar la corriente cuando esté apagado.