Puedes comprar un rheobus para poder controlar las RPM del ventilador. Yo uso uno que me costó unos 10€ y va muy bien.
El Zalman VF1000 viene con un adaptador con un regulador que le conectas 12V por un lado y por el otro le conectas el ventilador y te permite controlar la velocidad. Igual venden algo parecido... no se.
Si es de 2 cables creo que no puedes controlar la velocidad por software.