En mi macbook air de 2012 tengo el mismo "problema", en parte porque utilizo la aplicación macs fan control para evitar que se caliente en exceso la CPU: en los macs, es "normal" que funcione la CPU por encima de los 80ºC y que el ventilador siga en modo idle (esto pasa con todos, macbook pro, imac,...).
Lo tengo configurado para que a partir de 70ºC se acelere el ventilador de la CPU.
Pero sin el mac fan control instalado, he visto las temperaturas de la CPU por encima de 80ºC usando skype o hangouts y nada de ruido en los ventiladores. Aún así, prefiero el ruido y que me dure unos cuantos años el equipo.
Sería interesante que pudieses mirar la temperatura de la CPU y las revoluciones del ventilador con istat pro, smcfancontrol o el macsfancontrol mientras utilizas el skype.