uf no... jugársela modificando el circuito de ventilación requiere más que poner ventiladores encima de disipadores.
Según tu caja tienes que ver donde metes y donde expulsas el flujo, te va a tomar muchas pruebas y necesitas algún instrumento para medir temperaturas de todos los componentes críticos.
Es posible que te enfoques en poner ventiladores en cpu y gpu, pero te olvidas de los otros chips, la ram etc, que en el diseño original se mantienen bien refrigeradas.
He hecho pruebas antes, y resulta que si dejas sin una ventilación uniforme en la motherboard, el nvidia "MCPX" y las ram se calientan escandalosamente, tanto que cuesta poner el dedo, por mucho que tengas muy fria la cpu y gpu, entonces aguas con que te cargues uno de esos por mala ventilación, placa muerta.