Aunque en la BIOS lo tengas todo al 100% la gráfica tiene su propio control del ventilador, como mucho muchísimo podría mostrar las RPM pero creo que incluso si la GPU es del mismo ensamblador ninguno de los ajustes de BIOS puede modificar nada del ventilador de la gráfica.
Lo ideal sería, si te pudieran dejar un osciloscopio (o conoces alguien que trastee con electrónica y tenga uno) ver cuál de los cables del conector tiene una señal PWM, o si lo prefieres con el ventilador viejo que funciona ver por qué pin muestra las RPM.
Darle la vuelta a todo el conector, aparte de que puedes romper algo, no te va a servir porque al menos +12V y GND (que suelen ser el primer y segundo pin desde la derecha) están en el sitio correcto. Si alguno de esos dos no está en su sitio el ventilador no gira, ni al 100% ni a 0, y si están al revés con un poco de mala suerte no solo no gira sino que se quema.
Saludos