"Retrocompatibilidad" apunta a que un elemento X (por lo general consolas, pero aquí se habla de esto con juegos y no sé por qué) puede usar otro elemento Y (por lo general soft como aplicaciones o juegos) que es anterior al lanzamiento de este X. Por ejemplo, la GBA es retrocompatible con la GBX y GBC. La NDS con la GBA, pero no con la GBX.
En este caso, el de las partidas guardadas, no hay "retrocompatibilidad". Lo que hay es "mala programación", pura y dura. Es decir, que las versiones más nuevas de los parcheadores inutilizan ROMs que antes funcionaban bien.
Coge el Animal Crossing y parchéalo con la versión v2.57 del programa de parcheo. Coge ahora el mismo juego y pásalo por la v2.56. Ponte a jugar en los dos, guarda tu partida en ambos y reinicia la consola. Cárga los juegos y dime cuál es que te guardó bien la partida.
Así pues, hay juego que funcionan con las versiones anteriores pero no con las nuevas. Es cuestión de ir probando. Yo encontré problemas con el Animal Crossing, el MegaMan ZX y un par más. Siempre que usé la v2.56 para parchearlos, iban bien. Por eso guardo una copia de las versiones viejas cuando sale una nueva