Claro que GIMP edita animaciones...
Pista rapida para _zeros_: Usa la herramienta de la varita (boton junto al lazo, tecla U), activa y ajusta (ve probando) el parametro Feather Edges (como sea en castellano, el de despues de antialias), y juega con el Threshold, como lo ponga en castellano. Con eso, es cuestion de hacer click en un area de un color, darle a suprimir, etc.
Es muy facil y rapido ajustando bien los valores esos.
Nota: Antes de eliminar nada, mira que en Layer (capa) > Transparency este activado el canal Alpha, para poder tener transparencia.
Nota 2: Cada frame es una capa de la imagen.
Nota 3: la pagina del GIMP, sin ir mas lejos, tiene tutoriales.