No se si será tu caso, pero a mi me pasaba con algunos juegos NTSC, que al cargarlos con la opción PAL del SM los videos me iban a saltos, en cambio si los cargaba en NTSC me iban en blanco y negro (mi tele no soporta NTSC) pero los videos no pegaban saltos. Lo solucioné usando un parche para pasar de NTSC a PAL en la ISO antes de grabarla en DVD.
Un saludo.