Ufff, eso es mucho.
Yo los videos los dejo en xvid, es el estandar libre del divx y va bastante bien, comprimiendo incluso más sin perdida de calidad.
EL bitrate dependerá de la calidad final que quieras y del tipo del video. Te recomiendo que vayas probando bitrates. Yo he recomprimido unos capitulos de Fringe y se lo he dejado en 820 con cuantización Trellis activada y bitrate variable porque así recomprimirá más en los momentos más cañeros y menos en los momentos más tranquilos, por lo que el video compensa el tamaño sobre la cifra inicial que le des. Si dispones de tiempo te recomiendo que uses la doble pasada, te quedará más fino.
El audio lo he dejado a canal mono y bitrate de 96 ya que apenas hay perdida de calidad y te ahorras unos Mb.
En mi caso los capitulos ocupaban originalmente 720 Mb y los he dejado en 340 Mb sin apenas perdida de calidad.
Eso si, los videos de acción con muchos planos por segundo o que cambian constantemente de blancos a negros deberás subirles el bitrate ya que si no aparecerán los molestos macrobloques. Puedes probar bitrates de 1200-1500, pero te subirá el tamaño bastante.
Te recomiendo que cojas un video pequeño y vayas recomprimiendolo con varios modos y tu mismo elijas el que te quede mejor.
Siento el tocho pero espero que te haya servido de ayuda.