Si, yo tengo la SCLite y uso el Moonshell. Tu problema es ese, que creas un .nds que contiene los archivos multimedia... pero realmente no uses asi el moonshell.
Bajatelo, y ejecuta el setup, ponle en las opciones que te cree el .nds para SCLite (si te deja que el ultimo setup que probe no dejaba) y selecciona como destino la unidad de la microSD.
Asi te creara un .nds y una carpeta llamada shell en la microSD.
Una vez tengas eso, solo tienes que meter los mp3 o videos donde quieras en la SD (en la raiz, en diferentes carpetas... da igual)
y
Al ejecutar el moonshell te saldra el directorio de la microSD y ahi buscas y reproduces los archivos...
No se si te habra quedado claro porque lo he explicado asi por encima.
Pero vamos es eso lo que te pasa, y esta es la solucion.
Espero que te sirva, si tienes mas dudas... ya sabes, pregunta aqui o por mp.