El unico cuidado que hay que tener al recomprimir es que si se cambia el tamaño de la imagen (ya sea aumentándola, reduciéndola o recortándola) tiene que ser múltiplo de 4 o 16 segun que codec. (si el ancho o alto sale decimales al dividir por 16 mal)
Si tu equipo es poco potente dependiendo de lo que hagas puede que la reproducción del resultado en Avidemux vaya lento y salte el sonido pero al comprimir el video final sale bien.
Si el audio va mal en el video ya comprimido quizá sea del codec o el samplerate usado.