Lo que tienes que hacer es bajarte el Service Pack 4 y todas las actualizaciones (por lo menos las de seguridad, actualizaciones críticas creo q las llaman en Microsoft) para windows 2000 y grabarlas en un CD o en otra partición. También convendría que tuvieses por ahí a mano la última versión del Internet Explorer 6, o mucho mejor, otro navegador como Mozilla Firebird. Y si puedes baja también las ultimas actualizaciones de tu antivirus, firewall, etc.
Una vez hecho esto, formateas, instalas el Win2k SIN tenerlo conectado a internet, si tienes adsl o cable apaga el router/modem, q no haya conexión a internet. Instalas todas las actualizaciones que has grabado antes (es decir SP4, actualizaciones de win2k, antivirus, etc.) y luego ya lo conectas a internet.....
Espero que haciendolo así no tengas mas problemas con los virus. Suerte y si tienes algún problema intentaremos seguir ayudando...