Ninguna, salvo a nivel estético, lo mismo que con CoinOPS, todos comparten los mismos cores, es decir, lo que va bien en uno va bien en los otros y lo que no va, no va en ninguno.
Cada cual tiene sus preferencias... yo son del Visionary/Vision, me es sencillo de usar y mas fácil aun importar desde CoinOPS
@ Chinot, tu que eres una autoridad en el foro de BP, le podrías comentar que implementase una función en el Visionary de añadir a favoritos? algo tan sencillo como que cuando estés encima de un juego al pulsar el botón blanco se copia la carpeta del juego entera, dentro de una pestaña llamada por ejemplo Favorites y estando en Favorites si pulsas el botón negro encima de un juego lo elimines (solo de Favorites).
Este sistema tiene la pega que dependiendo de la plataforma donde la rom también va dentro de la misma carpeta, mas favoritos tengas, mas ocupa, los juegos de PSX puede ocupar bastante, pero aun así no creo que llegue la sangre al rio.
La alternativa es apuntar los juegos a mano en un papel y luego ir copiando carpeta a carpeta... se hace muy tedioso.