Eso es porque haz marcado con una estrellita a la VM Windows.
Abre el VMware pincha en el menu ventana -> Libreria de Maquinas Virtuales (o algo así) y te aparecerá la ventana para escoger maquina virtual.
Desmarca la estrellita de la VM Windows y ya no te arrancará automaticamente la proxima vez.
PD: es una puta mierda la interface del VMware... yo me he pasado a Parallels.
