Hombre, por lo que yo sé, estás poniendo una batería 14500 no una pila normal y corriente que es de 1,5V (aunque lo parezca), supongo que no será bueno, y supongo que claro que es posible que el mando muera si la usas... Y digo supongo, porque no tengo ni idea si las admite, teóricamente no está entre sus especificaciones... Ten en cuenta cuando dices que la batería de mando dice OUTPUT 3,3V porque está sumando ambas salidas (2 pilas de 1,5, alimentan 3V en el mando), que no es lo mismo que meter dos pilas de 3,6V.
Todo esto desde la lógica, con total desconocimiento de electricidad, lo mismo te estoy diciendo una burrada...
Saludos