Creo que necesitaras el programa "NDS Rom Cleaner 1.4c" creo que da la posibilidad de hacer lo que quieres no cambiar la extension, eso nop.
En los foros de MaxConsole he encontrado la siguiente respuesta:
"This is impossible as once a clean rom has been patched by any patcher software it is not poissible to un-do the patch. This is the same for all flashing patches like Supercard, M3, EZ, etc. Sorry, you'll have to make the clean rom from your backups again."
Por lo tanto creo que no es posible. Tendrias que hacer nuevamente el backup de tu original
1saludo! (ö,)