Debes reestablecer los Stubs de Nintendo para todos los CIOS (249, 250, 254, 222, 223). Bajate los Stubs con Nus Downloader en formato wad, e instalalos con Wad Manager, aunque ojo, deja un solo CIOS "normal" para seguir trabajando (El 249 por ejemplo).
Consigue la última versión de Any Title Deleter DB, ejecutalo desde el Homebrew Channel y analiza Title por Title para no dejar rastro de Homebrew. Desinstala casi al final el Homebrew Channel, y por último, el último CIOS funcional que hayas dejado. Así ya estará "casi" limpia.
Por último, formatea la consola desde la opción respectiva del Menú de configuración de la Wii, y la tendrás completamente oficial.
Un saludo.