Más que preguntas obvias, son preguntas muy leídas por este foro, pero bueno, me acuerdo de cuando yo empecé en esto y también era un lío.. jajaja
A ver, actualizar, puedes actualizar cuando quieras de manera oficial, el problema está en que cuando actualices, se te borrarán la mayoría de las modificaciones que has hecho, lo único que te quedará si actualizas a 4.3 serán el homebrew channel y el bootmii (respecto a bootmii aún tengo mis dudas) pero el homebrew channel se te quedará, con lo cual deberás repetir el proceso que has hecho con softmodii instalando las cIOS de Hermes y waninkoko.
Si no usas el canal tienda y todo eso, no te hace falta actualizar, a día de hoy, para nada.
Y los dos archivos que te ha creado el bootmii, puedes usarlos a modo de "copia de seguridad" en caso de que quieras volver al estado de tu wii antes de instalar los cIOS. Pero bueno, no te hará falta hacerlo, ni para actualizar, ni para nada de eso, ya que como te digo, lo único que harás si lo haces, es borrar las cIOS de Hermes y de waninkoko, cosa que también te pasará si actualizas.
Resumiendo, que disfrutes de tu wii y te olvides de estados anteriores a no ser que "se te estropee" algo.
Un saludo.