A ver si lo entiendo...pasaste el canal de la Wii a la tarjeta SD. Es decir, ya no está instalado en la Wii pero sí lo tienes en la tarjeta. ¿Es así? Si lo borras, lo borrarás de la tarjeta. Eso no lleva a nada. Intenta arrancar el canal desde la tarjeta SD después de usar menu patcher de Waninkoko. Así por lo menos funcionará (pero no te aparecerá como canal en la Wii). Todo esto en teoría. Yo no me he visto en esa situación. Si lo que quieres es volver a instalar el canal y que te aparezca en el menú, baja de versión a 3.2, instálalo con el wad manager y sube a 4.0.
Edito: lo del menu patcher habría que hacerlo cada vez que quieras arrancar desde la SD un canal no comprado y sí, parece ser que pasa con todos los wads no oficiales.