Al final he encontrado la solución.
Les había pasado FreeTheWads ya, sino directamente no me funcionarían. Pero aún así se me veían a 50Hz.
La solución (que más de uno estará buscando) es cambiar el modo de vídeo con el AnyRegionChanger. Con eso, sigue funcionándote todo igual, tu consola sigue siendo PAL, pero los juegos de la VC NTSC funcionan bien (incluso a 480p, como en el caso del Smash Bros oficial y los juegos de N64).
No se si sigue funcionando el modo 50Hz, pero como no lo uso, a mí plim.
Espero que le sirva a otro.
Saludos~