Los cIOS no influyen para nada en la carga por DVD. Posible causas podrían ser:
1.- desgaste de la lente de tu consol, aunque si el juego te funciona en Gecko, podrías descartarlo.
2.- consumibles de baja calidad y/o el proceso de grabación no salió del todo bien. Lo mismo que arriba, si en Gecko funciona...
3.- Las isos que has grabado han sido modificadas (trucha) previamente al proceso de grabación y los IOS oficiales de tu consola (sí, los IOS y no cIOS) no están parcheados. Por ejemplo, si un juego usa el IOS 55 para cargar, tendrías que parchear ese IOS, y lo mismo con otros IOS usados por otros juegos. No se recomienda parchear los IOS oficiales. La solución más fácil sería grabar isos 1:1 sin modificar.