Con wiiflow, si lo pones con carpetas y le cambias el nombre a una, te detecta los dos.
Para cfg, a la parte que no toque le añado un 1 o un 2, y luego lo renombro con wiixplorer.
En una partición fat32 o ntfs, en una wbfs solo puedes tener uno.
Lo de cambiar la id del juego puede impedir que lea/grabe la partida.