Existen dos tipos de canales:
1.- el canal completo que se instala en la consola y no usa SD
2.- el canal "forwarder", que no es más que un acceso directo a una aplicación en la SD.
Todo depende de cuál tuvieras tú instalado:
Si tenías el primero, se ha borrado completamente. Lo que tendrías que hacer es buscar el canal completo y volver a instalarlo.
Si tenías el segundo, pues debes buscar el forwarder e instalarlo en la consola. La diferencia es que la aplicación en sí debería estar aún en SD/apps/wiiflow/boot.dol y podrías cargarlo desde el Homebrew Channel (sin neecsidad del canal en el menú principal).