En Wii nunca lo vi, pero parece un caso parecido a los de PSX, DC o PS2 que cuando los discos tienen datos ubicados en la parte más exterior del disco al lector le cuesta llegar a esa zona y leerlos. Esto suele suceder porque el lubricante o lo que sea del carro del lector se seca y no va tan suave como debería, en el caso de Dreamcast vi tutoriales de como engrasar el carro y solucionar el problema.
Tampoco sé si es esto, pero tiene pinta porque al decir que te lee los de GC da la sensación de que la lente sólo se puede mover y leer datos alojados en la parte central de un disco normal, pero no logra alcanzar el exterior.