Desde la pantalla principal del Dolphin pulsas en el botón de "Wiimote".
Seleccionas sólo el primer "Wiimote emulado". El resto, NINGUNO. le das al botón "Configurar" de al lado.
En el menú que se te abre, buscas la opción "Extensión", hacia el medio/hacia la derecha de la pantalla.
En el desplegable (te saldrá por defecto NINGUNO ó NUNCHUK) seleccionas CLÁSICO.
Le das al botón CONFIGURAR de justo debajo.
Ahí lo configuras. A partir de este momento te lo dejo a tu albedrío para que lo dejes a tu gusto.
Te recomiendo que te bajes un pack de texturas que anda por ahí que sustituye los botones en pantalla del Xenoblade del mando clásico por los del XBOX360 Controller. Tirando de Google los encontrarás fácil. Los metes en la carpeta correspondiente del Dolphin y le pones "texture override" (o algo parecido, viene con instrucciones).
Un detalle que es una tocada de narices: El botón seleccionar es por defecto el B del mando de 360. Estarás horas para acostumbrarte -a mi, al menos, me pasó-.
Por último, decirte que si no tienes un PROCESADOR bastante potente (recomendable de i5 4770 para arriba) no te mates demasiado buscando configuraciones. Simplemente es que no te da para mucha resolución. Lo del Dolphin con el procesador es de traca. A mi con el i5 4770 no me tira bien el "The Last Story", aunque para el Xenoblade ya voy bien.
Un saludo.