Corroboro tu problema, no sé si alguien tendrá solución o es un problema de incompatibilidad con el juego.
Yo fui un poco más lejos y obtengo practicamente el mismo resultado. Esta misma semana me han devuelto la Wii con el D2CKey y he estado probando una serie de backups, con el fin de comprobar si había realizado una buena compra. De 9 sólo me funcionan 4, uno desde el primer momento, los otros 3 tras actualizar, puesto que eso pedía la consola. Tengo la versión 3.3E, que era la misma que antes de proceder a esta actualización.
Con el Animal Crossing lo he probado de tres formas distintas: 1º con la versión NTSC en discos Verbatim (MCC4) a 2,4x con Nero, la consola reconoce el juego en canal disco, pero cuando pulso en comenzar la pantalla se queda en negro y la Wii se bloquea, no responde al reset, es necesario pulsar durante 5 sg. el botón de apagado o desenchufarla; aunque se supone que mi chip es compatible con el formato anterior, probé con la versión PAL, esta vez grabé con el CloneDVD a 1x, en canal disco me pedía actualizar, así que, por si las moscas, opté por pasar el WiiBrickBlocker 1.3 y volví a grabar por 3ª vez, ésta de nuevo con Clone a 1x, el resultado ha sido el mismo que con la versión NTSC. Los juegos originales funcionan normalmente en principio, aunque no he probado con éste.
Salvo que alguien demuestre lo contrario, soy de la opinión de que los backup de "Animal Crossing lets go to the city" no son compatibles con D2CKey. Lástima.