Vamos por partes.
1.- Si, cada perfil tiene sus datos de grabado, de ordenacion de menu, y permisos segun lo que establezcas en el control parental.
2.- Cada perfil es enlazable con un nintendo network id, aunque no es obligatorio.
3.- El primer perfil creado y enlazado a un NNID cuyo mail coincida con el del club nintendo es quien se lleva los puntos por el registro de la consola.
4.- en cuanto a 3DS y enlazar las NNID desconozco la situacion concreta. Solo se que hay que enlazar la 3das y la wii u mediante la misma nnid, pero no se si sirve una NNID de un usuario digamos secundario.
En cuanto a como organizar, tu que seras quien administre las historias, yo haria primero la cuenta de Papa, enlazaria y seria quien tendria los puntos y configuraria el tema de control parental. Despues las cuentas de Mama, hijo 1 e hijo 2. Si vais a usar mucho el coop si que os puede interesar tener una cuenta familiar para mantener progresos distintos en el coop y los individuales.