Ok, en caso de que no sepas como liberar tu consola, puedes seguir la guía de
wiiu.hacks.guide, una vez tengas un CFW instalado o ejecutándose (como Tiramisu, recomiendo instalar ese) puedes usar DDD (Si no mal recuerdo) para crear un Backup de tus discos y puedes usar WUP Installer para instalar las backups que ya tengas, todo ello desde el Homebrew Launcher o bien desde algún Forwarder para el menú Home.
El USB lo tienes que formatear para la consola, abre Ajustes del sistema > Gestión de Datos(Segunda Opción) y desde ahí a formatear o borrar USB, recuerda tener solo enchufado el USB a formatear, si tienes algún otro USB, quítalo antes de formatear, luego de eso ya podrás instalar programas en tu USB