Efectivamente, tanto Bluetooth como Wifi trabajan en la franja de microondas del espectro electromagnético.
Pero, como bien han dicho por ahí arriba, en la versión 1.2 de Bluetooth se inventó un "apaño" llamado microsaltos de frecuencia (FH/TDD) por el cual se realizan 1600 saltos de frecuencia por segundo en un orden preestablecido para evitar los problemas con Wifi.
De todas formas, dado el bajo alcance de Bluetooth, no suele haber problemas. Por cierto, que no sé si Wii trabaja con 2.0 o no, pero supongo que sí. Y las interferencias son seguro en el bluetooth, porque el wifi nada tiene que ver con el control.
Ah, y si un microondas crea interferencias a cinco metros, cámbialo pero ya. Para que te hagas una idea, un microondas "malillo" debería servir de blindaje bluetooth a unos 5 centímetros de distancia (puedes probar con dos teléfonos móviles).
Vale que no aísla completamente, pero a esa distancia... mal rollo.