No se si el wiikey funciona diferente al resto, pero lo normal es que venga ya funcional.
Si vas a usar las funciones del chip unicamente para ejecutar backups de tus juegos, te da igual la versión en la que este la consola. Pero si querias ejecutar aplicaciones homebrew, pues ahi ya tendrías que esperar a que salga un nuevo Twilight Hack para la versión 4.0 en caso de ser la oficial. Si tuvieras la 4.0 modificada por waninkoko, si podrías ejecutar todo sin problemas.