Me alegro que al tener tiempo otra vez, no dejes de lado este gran programa. Llevo tiempo usándolo con debian/lmde 64B, sin problemas. Tiene que ser un gustazo ver que tanta gente en todo el mundo utilize tu creación.
Para transferir a fat/ntfs, se puede definir el directorio de salida, pero es mejor convertirlo a wbfs, y después copiarlo al otro disco, ya que tarda bastante mas al convertirlo hacia un disco USB.