Yo nunca he restaurado ninguna de mis consolas pero creo que recuerdo haber leído que al restaurarla cambia la clave de encriptación. Como cada Wii U formatea los discos duros con su propia clave, no es de extrañar que ahora no te reconozca el disco duro. Tendrás que formatearlo con la consola y volver a meterlos. Espera a que te lo confirmen antes de hacer nada pero me jugaría el cuello a que eso es lo que te ha pasado.