Yo tengo las dos (bueno, tener sólo tengo 3DS, la Wii U está en camino y llegará probablemente el lunes de la semana que viene).
Decantarte por una u otra es difícil. 3DS es una maravilla como portátil y tiene un catálogo muy amplio. Wii U tiene los clasicazos de Nintendo (y lo que está por venir) y una potencia por encima de la de 3DS, algo obvio. Si puedes comprarte las dos no lo dudes. Si tuviera que decir probablemente me quedaría con 3DS, pero por poquito (el punto a favor de ser una portátil y que de sobremesa ya tengo PS3).