Si tu disco de instalacion esta infectado, desde luego tendras el mismo problema instales donde instales, si alguno de los programas que usas esta infectado igualmente al instalar estaras infectando al sistema.
Bueno te di una idea ya si la descartas asi porque si pues suerte.
Queda lo de ver el windows update, y que por cierto, ¿has visto los foros de microsft o de windows? que seguro habra alguno o algunos que tuvieron el mismo problema.