UEFI puede sustituir a las BIOS al poder encargarse el sistema operativo directamente de todo (linux puede desde hace una decada, pero Windows no estaba tan avanzando).
Ofrece ventajas de velocidad digamos ademas de permitir caracteristicas extendidas añadiendo opciones instalando ciertos ficheros en el disco duro simplemente.
El problema aqui no es UEFI, sino secure boot el cual hace que no puedas arrancar un sistema a menos que este firmado de manera especifica, cosa que no puede hacerse por defecto en distribuciones linux, pero grub1 puede firmarse si se proporcionan los certificados oportunos.
Mediante este podria cerrarse la posibilidad de usar otros sistemas que no fueran el de fabrica, pero por grandes acusaciones hechas a MS sobre temas de monopolios esta aclaro que podra desactivartse secure boot desde la UEFI.
O sea, ventajas?, mayor seguridad al verificar los gestores de arranque (cosa que en GNU/Linux no nos preocupa mucho
) y poder tener un arranque aun mas rapido.
Problemas finales?, que los fabricantes sean unos cabrones y pongan un menu de configuracion tan jodido en la placa que no dejen ni desactivar el secure boot ¬¬.
Aun asi se ha hablado de usar grub4dos desde bootmgr pudiendo asi encadenar a un grub instalado pero sin arrancar desde el MBR aunque ello provocara tener que convivir con el sistema de Windows.
MS no puede ni debe cerrar posibilidades pues esta aun sobre la mirada atenta de antimonopolio, el problema ahora son los fabricantes y las "sugerencias" hechas por MS si eso.
Los dispositivos de Apple no tienen Bios pero mediante bootcamp facilitan la opción de instalar otros sistemas y no dan problemas para instalar GNU/Linux