Instala Windows en el segundo disco duro con el primero quitado. Despues instala Linux en el primero con ambos conectados, tendrás Linux, el gestor de arranque tambien en el disco de linux y podrás elegir entre ambos S.O. en dicho gestor (Grub), si te buscas algún tuto hay una forma de que grub recuerde el S.O. que elegiste la ultima vez o siempre arranque desde la entrada del menú que sea, por defecto arranca linux,
El día que tengas que reinstalar Windows desconectas el de Linux y te evitarás que Windows haga su gracieta de siempre de ventilarse el gestor y quedarse el solito para arrancar.
Linux podrá leer y escribir NTFS (prácticamente ya todas tienen NTFS-3g preinstalado para ello) y casi seguro se automontará al inicio, así que la unidad estará visible y usable, nunca me he visto en la necesidad de deshabilitar alguna unidad, pero seguro se podrá hacer que no se automonte y se le asigne carpeta alguna para ella.