Casi todos los últimos S.O. Windows crean un espacio reservado para el sistema (XP, Vista, 7, 8)
Pero como máximo son 350 MB (Windows 8 - 8.1).
Como te comentaron arriba, si borras esa partición el equipo no iniciará.
Ya que ese espacio reservado para sistema está marcado como partición primaria y activa, lo que significa que Windows iniciará primero por esa partición para después comenzar la carga de del sistema.
Y si no la encuentra, arrojará un error y no iniciará.