Ya una vez que edites el menú supongo que la cosa es eliminar todas las carpetas del otro Windows y archivos de la raiz, aunque solo por seguridad mira bien que no haya asimilado la carpeta de Archivos de programa que Windows tiene unas gracias muy simpáticas a veces.
La mención sobre el orden de los discos era además porque no sería la primera vez que veo un Windows instalado nuevo pero sobre el segundo disco, y claro el arranque queda en el primero y después viene la sorpresa al quitar el primero. Pero ya veo que no es tu caso.
