Como poder, puedes hacerlo como tu quieras, no me parece mala idea lo de tener cada uno en un disco diferente, ya que el formatear la unidad de un sistema, no te afectaría al otro por ejemplo. Pero si perderás el privilegio de bootcamp, de poder usar una maquina virtual sobre la partición de bootcamp en concreto. A menos que sea el propio asistente de bootcamp el que te deje instalar windows por libre en un disco diferente a donde está instalado MacOS, que eso ya lo desconozco.
Por lo demás, se puede hacer arrancando desde el pendrive el windows, y seleccionando el disco SSD donde quieres que sea instalado a la hora de instalarlo y ya está.
