Pues cuando windows empieza a hacer ese tipo de cosas, haz copia de seguridad de tus archivos valiosos INMEDIATAMENTE.
Pásate un buen antivirus. A mí, la única vez que me hizo eso, es que me había entrado un virus -me enteré bastante más tarde, al pasarle un antivirus distinto desde el 2º HD- , y eso que tenía un buen -o eso creía yo- antivirus instaldo y actualizado.
Si no es cosa de los virus, tal vez fuera interesante formatear y volverlo a meter todo, antes de que le dé por "morirse" justo cuando necesitas urgentemente el ordenador -ley de Murphy-.
Suerte.
P.D.:
¿Has pensado a probar Linux?