@Jar-Jar La pregunta es mucho más simple
¿Tanto cuesta formatear el HDD eliminando de esa forma todas las particiones (las que están visibles y las que no) en lugar de formatear solo la partición C?
Todo esto sucede porque el chaval no formateo el HDD solo la partición C
Lo que dicen arriba de ponerlo en el sata 0 no sirve de nada lo de master y slave murió con los HDD de tipo IDE/ATA los Sata no tiene preferencia (el puerto sata 37 tiene la misma preferencia que el sata 0) Lo que marca el orden de arranque es la BIOS si tú configuras la BIOS para que arranque primero el Sata 37 y en ultimo lugar el Sata 0 la BIOS asi lo hara.
En resumen senegro salvo que tú BIOS sea una cabezota (hay ciertos portatiles y PC premontados con BIOS chapuceras que pueden trabajar de esa forma) la tecnología Sata funciona sin orden de preferencia.
Lo único que realmente funciona es desactivando el hdd pero....
JODER SI LO MÁS SIMPLE DE TODO ES FORMATEAR EL HDD DURANTE LA INSTALACIÓN DE WINDOWS (si formateas solo C es evidente que te pasara esto)
El boot de arranque (es una partición oculta de un tamaño de 100MB) en el HDD (esta partición se encarga de arrancar el sistema)
Mira aquí la puedes ver (100MB y como ves siempre debe de estar la "primera" (antes de la partición "C") por eso es la de arranque (debe ser la primera partición del disco)
En resumen formateaste (eliminaste) solo la partición C y debido a esto Windows detecta que ya hay un "arranque" instalado y por eso no instala el suyo (modifica el que ya hay en el otro HDD).
Saludos