Probablemente sea una diferencia en el tipo de reloj de sistema, osea windows guardando la hora local y linux guardandola en UTC. Tienes dos opciones: forzar a windows a que guarde la hora como UTC con una modificacion en el registro (no recomendada) o cambiar el tipo de reloj en linux a "local" en el archivo de configuración. La ubicación de registro a cambiar depende de tu distro, por nombrar algunas:
Gentoo: /etc/conf.d/hwclock
Ubuntu: /etc/default/rcS
Arch: /etc/rc.conf