El principal objetivo de WINE es implementar toda la API de Windows para poder utilizar los programas de este independientemente del Sistema Operativo escogido.
Pero como es MUY difícil, ahora a lo que se dedican en mayor o menor medida es a "hackear" WINE para que funcionen determinados programas de la mejor manera. Es decir, no es que implementen toda la API (que tienen MUCHAS partes importantes implemetadas) sino que más bien investigan que partes son las más usadas y "como", para luego implementarlas.
Los programas más pedidos son los que se investigan antes. Casos como "Macromedia Flash", "Counter Strike" o "Photoshop", son los más conocidos.
NO intenta que Linux sea compatible con Windows, sino que intenta que la gente que no tenga "alternativa" en cuanto a software, al menos la tenga en la elección del Sistema Operativo.
Aunque ellos mismos afirman que "Se dejará de dar prioridad alta a los programas que ellos crean que tienen alternativa libre (o en su defecto, versión para Linux)". Se llegaron a plantear no dar soporte a Photoshop... por Gimp... pero hay bastante gente interesada por un motivo u otro, aunque ciertamente, mucha menos que antes.
Esta filosofía la sigue el "heredero directo" de WINE en el ámbito de los juegos: CEDEGA. Dejan de lado el soporte de los juegos que tienen versión nativa de Linux. Por ejemplo, a Doom 3 le dieron soporte hasta que tuvo versión nativa.
Un saludo!