Lo ideal de linux es que lo instales con formatos propios en sus particiones (al menos 2, una EXT3 como el S.O y datos y una pequeña de 1gb como SWAP), despues linux puede leer todos los formatos de particiones asi que puede leer particiones y disco duros en Fat32 y NTFS, asi que leera perfectamente tanto el HD USB como las particiones de Windows, Windows sera el que no pueda leer particiones de Linux.
Yo votaria por que hicieses, una de Windows pequeña, la particion de ubuntu en EXT3, la de Swap de 1gb, y una grande para juegos y datos a compartir entre ambos (si pones 80 gigas para Windows, 80 para ubuntu, 1gb para swap, todavia tendrias mas de 800gb para la particion de juegos y datos), si quieres hacer mas de 4 recuerda que la 4 y demas deben estar en una "particion logica" ("primarias" hay un limite de 4)