No lo se, en teoria no, ya que el gui no hace mas que mandar los comandos mediante un entorno grafico, y el fstfix14b es el mismo.
En cuanto a lo del virus, a mi no me pone nada, pero vaya que depende del antivirus con el que se mire. Prueba con otro fstfix14b a ver si te pone lo mismo. Me parece que hay archivos que los antivirus los detectan como infectados, pero no lo estan, yo me meto en una pagina web, que no dire el nombre, porque da igual, es solo por que a mi siempre que entro en esa pagina el NAV me dice que hay un virus, pero en realidad no lo es, con otros antivirus en esa web no pone nada de virus, asi que puede que sea algun tipo de bug del antivirus.