yo la tengo instalada de las dos maneras aunque lo he probado poco si puedo decir que: el que se instala en windows, no se usa desde windows, aunque si usa una particion windows,. La instalacion empieza en windows copiando archivos a una particion que te deja elegir el programa de instalacion, y luego continua reiniciando el ordenador y sin entrar en windows sigue la instalacion de Ubuntu, creandote al final un arranque dual de Windows y Ubuntu.
Para mi es la mejor distribucion que he probado, en los 3 ordenadores que lo he instalado no he tenido problemas, me ha reconocido todo.
Saludos