Yo te recomiendo que los juegues por separado, primero el Enemy Unknown y luego el Enemy Within en una dificultad mayor. No es una simple mejora como otros DLC, este te trae muchos mapas y mejoras geneticas, robóticas, etc...Yo lo hice así, y cuando lo volví a jugar con el Enemy Within no me encontré practicamente ni un mapa ya jugado en la versión original.
Esto ya es cosa de cada uno, si te gusta el juego y quieres echarle horas de esa forma lo disfrutarás más.