Yo tengo exactamente lo mismo que tu (dos consolas, una flasheada y otra no) lo que tienes que tener es el profile (gametag) en el usb y en las consolas no tener ninguno y arrancar con el de usb, además tendrás que guardar las partidas en el usb.
A mi por ejemplo me da igual lo de los logros, por lo que tengo el mismo gametag en las dos y guardo las partidas en el usb. De todas formas, hasta donde tengo entendido sólo te contavilizan los logros que consigas estando online...
No corres riesgos de baneo, ya que online siempre juegas a juegos originales con la consola original.