Cuando seleccionas un archivo para reproducir te aparecen unos cds arriba a la derecha? Se parecen mucho los nombres de esos videos?
Yo diria que tienes activada la opcion de "capitulos", es decir, el programa intenta reconocer titulos parecidos de la forma:
Video_A_1
Video_A_2
...
Y solo te muestra el 1º, pero te los reproduce todos.
Si es eso y te aparece el CD arriba, selecciona el que quieras y veras que si estan. Incluso mientras reproduces actuan como capitulos de un mismo video...
Al menos eso es lo que me paso a mi, y menudo susto me lleve.
Edito: Por cierto, la opcion esta de capitulos... no se cual es
, pero estara en la config.
Saludos