Eso me pasa a mi pero con unos dvd's que tengo con ROMs para los emuladores...
Los grabe en un DVD-R LG... resultado: Algunas carpetas no se veian, algunos archivos tampoco, y SI que estan grabados...
al ponerlo en la consola de un colega, a veces, mostraba todos los archivos, a veces mas, a veces menos
.Ambos lectores son THOMSON.
Grabados en un Verbatim DVD-R... resultado: Perfecto! funciona en ambas consolas y se ven todas las ROMs y carpetas.
A lo peor el mismo problema te sucede a ti.
Por lo tanto;
Posible problema: Que el CD donde grabes sea de mala calidad, y a tu lector le cueste leerlo... o que este mal grabado...
Posible solucion: Cambia de marca de CD, usa CDRW, Graba o en xISO o en UDF o cambia de lector...
. Si no quieres o no puedes grabar en otra marca de cd's, al menos prueba, a reducir el numero de carpetas y el numero de archivos por carpeta... asi a lo mejor tambien rula...